Благодаря своему уникальному географическому положению и исторической насыщенности, Алтай считается одним из самых археологически богатых регионов страны. В семи залах музея собраны находки, охватывающие разные эпохи:
- эпоха каменного века;
- бронзовый век;
- ранний железный век;
- период древнетюркской культуры.
Посетители могут увидеть древние стелы, скульптуры, курганы с ледниковыми включениями, скалы с рунами и петроглифами. Здесь также представлены останки мамонта, предметы быта, оружие, одежда и целые захоронения.